Autojuna on matkustajajuna, jossa voi kuljettaa myös matkustajien autoja. Autojunassa on päivä- ja makuuvaunujen ohella autonkuljetusvaunuja, joihin autot lastataan matkan ajaksi. Autoissa oleskelu matkan aikana on yleensä kielletty, mutta esimerkiksi Kanaalin tunnelin Le Shuttle -autojunassa oleskellaan omassa autossa matkan ajan. Joissakin maissa matkustajien autot saatetaan kuljettaa perille eri junalla kuin matkustajat. Autojunatoiminta on vähentynyt tai loppunut kokonaan monissa maissa 2000-luvun vaihteen molemmin puolin moottoritieverkoston jatkuvasti kehittyessä. Myös lentomatkustus ja autonvuokraus ovat kilpailijoita oman auton mukaanotolle.