O axonema é unha estrutura citoesquelética formada por microtúbulos que forma o núcleo do eixe dun cilio ou flaxelo das células eucariotas.[1] Os cilios e flaxelos aparecen en moitas células eucariotas e microorganismos eucarióticos e proporcionan mobilidade á célula ou moven líquidos circundantes, pero os flaxelos bacterianos son moi diferentes e non teñen a estrutura do axonema. O axonema serve como "esqueleto" destes orgánulos, dándolle soporte á estrutura e, nalgúns casos, a capacidade de dobrarse. Aínda que se poden facer distincións na función e lonxitude dos cilios e flaxelos (os flaxelos son máis longos), a estrutura interna de ambos, é dicir, o axonema, é igual. O axonema parte desde unha estrutura situada na base chamada corpo basal, que é similar a un centríolo.