Dotplot

Ein Dotplot (englisch für „Punktauftragung“) ist eine graphische Methode der Bioinformatik zwei biologische Sequenzen miteinander (oder eine Sequenz mit sich selbst) zu vergleichen. Dabei werden die Sequenzen auf die horizontale und vertikale Achse (oben und links) aufgetragen und Übereinstimmungen zwischen einer Zeile und Spalte an der entsprechenden Schnittstelle durch einen Punkt (englisch „dot“) markiert.

Der Dotplot dient der Auffindung von ähnlichen bzw. übereinstimmenden Regionen. Diese Darstellung wurde erstmals 1970 von Gibbs und McIntyre publiziert und wurde seitdem weiterentwickelt.^[1] Obwohl fast 50 Jahre alt, finden Dotplots noch immer Eingang in aktuelle Publikationen, wie z. B. bei der Analyse der epigenetischen Steuerung in Pflanzen.^[2]

1. ↑ Adrian J. Gibbs, George A. Mcintyre: The Diagram, a Method for Comparing Sequences. Its Use with Amino Acid and Nucleotide Sequences. In: European Journal of Biochemistry. Band 16, Nr. 1, September 1970, ISSN 0014-2956, S. 1–11, doi:10.1111/j.1432-1033.1970.tb01046.x. 
2. ↑ Aoi Hosaka, Raku Saito, Kazuya Takashima, Taku Sasaki, Yu Fu: Evolution of sequence-specific anti-silencing systems in Arabidopsis. In: Nature Communications. Band 8, Nr. 1, Dezember 2017, ISSN 2041-1723, doi:10.1038/s41467-017-02150-7, PMID 29255196, PMC 5735166 (freier Volltext) – (nature.com [abgerufen am 13. Mai 2018]).