Encomendero oli nimitys espanjalaisille konkistadoreille, jotka saivat oikeuden hallita alkuperäisasukkaita encomienda-järjestelmän kautta. Encomenderojen avulla Espanjan kuninkaiden tarkoituksena oli tehdä intiaaneista Espanjan täysivaltaisia, veroa maksavia alamaisia. Tätä tarkoitusta palveli encomienda-järjestelmä, jolla repartimientossa tai sen jälkeen encomiendan saanut encomendero kantoi intiaaneilta veroa, josta viidennes, EL Quinto, kuului kuninkaalle. Encomenderot eivät omistaneet encomiendansa maapohjaa. Verottamisen muodosta ja verojen määrästä aiheutui myöhemmin suuria hankaluuksia. Väkimäärän vähentyessä ei encomenderon maksettavaksi sovittu vero ilman muuta vähentynyt, vaan useasti encomenderot halusivat saada encomiendastaan entisen määrän tuloa vähentyneen työvoiman avulla.