Endofyt je endosymbiotický organismus, zejména bakterie, sinice, houby), který část nebo celý život žije v těle rostlin. Jejich základní vlastností je, že alespoň část životního cyklu svému rostlinnému hostiteli neškodí.[1] Někdy tyto organismy přinášejí dokonce rostlinám užitek.
Endofyty se mohou přenášet z jedince na jedince buď vertikálně (z rodiče na potomstvo, především uvnitř semen), nebo horizontálně (z jednoho jedince na jiného).
Endofytické druhy v jedné rostlině tvoří celá společenstva, v nichž některé organismy dominují a některé jsou vzácnější či omezené na určitý orgán.