Endotoxin (LPS nebo lipopolysacharid) je toxin spjatý s určitou bakterií. Je součástí vnější membrány gramnegativních bakterií nebo sinic. Chemicky se jedná o lipopolysacharidy (LPS), které se skládají z hydrofilního polysacharidu a lipofilního lipidu. Na rozdíl od bakterií, ze které pocházejí, jsou endotoxiny velmi tepelně stabilní a dokonce přežijí sterilizaci.
Endotoxin je strukturální součástí bakterie a uvolňuje se především v situaci, kdy se bakterie rozpadá. Na rozdíl od exotoxinu není tedy vylučován v rozpustné formě živou bakterií.