Fluorofor je molekula, která po osvícení světlem určité vlnové délky absorbuje energii tohoto záření a prakticky okamžitě ji ztratí emisí záření o delší vlnové délce. Tomuto jevu se říká fluorescence. Fluoroforem může být malá molekula, typicky organická sloučenina s aromatickým jádrem, nebo i celý protein (např. GFP).
Fluorofor bývá nejčastěji kovalentně připojen k makromolekule, kde slouží jako značka, kterou lze detekovat. Takovými makromolekulami mohou být například protilátky, nukleové kyseliny nebo peptidy. V řadě metod jsou využívány ke značení tkání, buněk nebo materiálů. Mezi nejznámější fluorofory patří například fluoresceinisothiokyanát (FITC) nebo fluorofory odvozené od rhodaminu (TRITC), kumarinu nebo cyaninu.[1] Nové generace fluoroforů jsou zpravidla účinnější než tradiční fluorofory se srovnatelnou excitací a emisí. Jsou stabilnější na světle, jasnější a méně pH senzitivní.[2][3]