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Il gonopodio è l'organo copulatore che si sviluppa nei maschi di alcune specie di pesci dulcacquicoli.
È formato dai raggi della pinna anale, fusi assieme per formare un organo tubolare, rigido e semovibile alla base, provvisto di microscopici ganci che permettono una maggior presa sull'apertura urogenitale della femmina.
Anche se spesso è considerato un pene, il gonopodio ha in comune con l'organo sessuale dei mammiferi solo lo scopo: permettere il passaggio dei gameti maschili dal corpo maschile a quello femminile.