Gruppenkommandeur ist die Bezeichnung für den Befehlshaber einer Gruppe innerhalb eines Flieger- oder Flugabwehrraketengeschwaders in der Marine oder Luftwaffe der Bundeswehr. Der Gruppenkommandeur ist kein Dienstrang, sondern eine Dienststellung die mit unterschiedlichen Offiziersdienstgraden erreicht werden kann. Er entspricht in der Dienststellung einem Bataillonskommandeur. In der Luftwaffe der Wehrmacht gab es ihn ebenfalls. Der Gruppenkommandeur ist nicht zu verwechseln mit dem Gruppenführer im Heer, der normalerweise als Unteroffizier bis zu zwölf Soldaten führt.