Indenrigsministerium er en betegnelse for det ministerium, som har med indenrigsmæssige affærer at gøre. I Danmark drejede det sig f.eks. om hospitalsområdet og det kommunale område. Indenrigsministeriets øverste politiske chef var indenrigsministeren, mens den administrative ledelse blev forestået af departementschefen.
I mange lande henhører også politi og sikkerhedstjeneste under indenrigsministeriet. I Danmark hører de under Justitsministeriet.