Iquitos és la ciutat del món més poblada a la qual no es pot arribar per mitjans terrestres. Té el port fluvial més important del Perú i es pot comunicar a través de l'Amazones amb altres ciutats de la selva, com Leticia a Colòmbia, i amb diverses ciutats del Brasil, com Manaus i Belém fins a l'oceà Atlàntic. A Iquitos també hi ha l'Aeroport Internacional Coronel FAP Francisco Secada Vignetta, que és la via de transport a la ciutat amb més trànsit de passatgers, amb vols directes a les principals ciutats del Perú, així com a nombroses localitats de l'amazònia peruana.
