Kloaka (z lat. cloaca – stoka) je orgán všech obratlovců – rozšířená část konečníku, do něhož je vyústěna trávicí, vylučovací a často i rozmnožovací soustava.[1]
Tento orgán vzniká embryonálně u všech obratlovců, ale v dospělosti ho mají jen někteří – zejména obojživelníci, plazi, žraloci, dvojdyšní a ptáci.[1] Kloaku mají také ptakořitní savci, krátkou kloaku najdeme i u vačnatců[1] a výjimečně ji mají i někteří vyšší savci (např. zlatokrti, bodlíni nebo bobři[2]). Chiméry, paprskoploutvé ryby, lalokoploutví a většina placentálních savců kloaku nemá.[1]
Kloaku měli také někteří druhohorní dinosauři, například malý rohatý dinosaurus rodu Psittacosaurus.[3][4]