Kuusistonlahti on Kaarinassa Kuusiston saaren itäpäässä sijaitseva merenlahti, joka kuuluu Natura 2000 -verkostoon SPA-alueena. Kuusistonlahdella on monipuolinen ruovikko-, vesi- ja rantaniittyjenlinnusto. Lahti on merkittävä lintujen pesimä- ja levähdyspaikka Varsinais-Suomessa.[1]
Kuusistonlahden Natura-alueeseen kuuluu 351 hehtaarin alue, jonka muodostavat Kuusiston ja Lyhytholman väliin maankohoamisen seurauksena umpeenkasvanut salmi, sen molempien päiden matalat ja ruovikkoiset merenlahdet, sekä pohjoisosan Piikkiönlahti. Myös erillinen Kuusistonjärvi kuuluu Kuusistonlahden Natura-alueeseen. Lyhytholman ja Kuusiston välinen maankohoamisalue on laajaa ruovikko- ja rantaniittyaluetta, joka on paikoin vielä hyvin kostea. Fiskarinsuntti, eli itse Kuusistonlahti on reunoiltaan hyvin ruovikkoinen, mutta ulompi osa siitä on avovettä. Kiinni kuroutuneen salmen eteläpäässä sijaitseva Torpansuntti on voimakkaammin ruovikoitunut. Alueen rantaniityillä on laidunnusta, mutta osa niistä on ruovikoitunut.[1]
Viereinen Piikkiönlahti on melko laaja ruovikkorantainen ja matala merenlahti, jonka avovesialue on kuitenkin laajempi kuin muilla alueilla. Lahden rannoilla on jonkin verran rantaniittyjä, ja lahden linnusto on melko samanlaista kuin Kuusistonlahdella.[1]
Alue kuuluu osittain luonnonsuojelualueeseen. Fiskarinsuntin-Torpansuntin alue kuuluu lintuvesien suojeluohjelmaan ja seutukaavan luonnonsuojelualueeseen. Läheinen Piikkiönlahti on seutukaavassa rajattu ohjeellisesti linnustonsuojelualueeksi. Alue on suojeltu lintudirektiivin perusteella.[1] Lisäksi 74 hehtaarin alue kuuluu lintuvesien suojeluohjelmaan ja on suojeltu luonnonsuojelualueena.[2]