Unha metaloproteinase ou metaloprotease é un encima protease en cuxo mecanismo catalítico está implicado un metal. Un exemplo é o encima ADAM12, que exerce unha función significativa na fusión de células musculares durante o desenvolvemento embrionario, nun proceso coñecido como mioxénese.
A maioría das metaloproteases requiren zinc, pero algunhas usan cobalto. O ión metálico está coordinado á proteína por medio de tres ligandos. Ditos ligandos poden ser os residuos de aminoácidos histidina, glutamato, aspartato, lisina ou arxinina. A cuarta posición de coordinación está ocupada por unha lábil molécula de auga.
O tratamento con axentes quelantes como o EDTA causa a súa completa inactivación. O EDTA é un quelador de metais que retira o zinc, que é esencial para a actividade. Tamén son inhibidos polo quelador ortofenantrolina.