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Als Mikrofotografie wird ein Bereich der Fotografie bezeichnet, bei dem die Abbildungen von Objekten auf einem Sensor sehr viel größer sind als die Objekte selbst. Dabei auftretende Abbildungsmaßstäbe sind größer als die der Makrofotografie.
• unten links: normales Foto
• oben links: Makrofoto
• rechte Seite: zwei verschieden vergrößerte Mikrofotos
Eine besondere Schwierigkeit bei der Mikrofotografie ist die sehr geringe Schärfentiefe. Bei Digitalaufnahmen von unbewegten Objekten besteht die Möglichkeit durch das Stapeln mehrerer Aufnahmen mit verschiedenen Fokusebenen („Focus stacking“), ein Bild mit erhöhten Schärfentiefe zu erzeugen. Dafür gibt es spezielle Software, wie beispielsweise das Open-Source-Programm CombineZP.
Die Mikrofotografie wird professionell zur Dokumentation in den Bereichen Biologie (speziell Histologie), Mineralogie und Materialprüfung eingesetzt.