Mutaatiotaajuus eli mutaationopeus (myös mutaatiofrekvenssi tai mutaatiotiheys) on populaatiogenetiikan suure, joka kertoo kuinka usein mutaatioita tapahtuu aikayksikköä kohden. Mutaationopeus on stokastinen suure.
Mutaationopeus voidaan ilmaista eri suuruisia genomin osia kohden, esimerkiksi yhtä geeniä tai yksittäistä DNA:n nukleotidiä eli emäsparia tai vaikka kokonaista genomia kohden. Aikayksikkönä voi olla esimerkiksi vuosi, eliön sukupolvi tai solunjakautuminen.
Mutaationopeus vaihtelee eri lajien ja lajin eri genomialueiden välillä. Esimerkiksi ihmisellä miehen ja naisen sukusolujen mutaationopeudet poikkeavat toisistaan.
Mutaatiot aiheuttavat geneettistä muuntelua populaatioissa ja eroja populaatioiden välille. Ellei luonnonvalinta karsi tai suosi mutaatioita, mutaationopeus voidaan arvioida pitkän ajan kuluessa eri evoluutiolinjojen välille kertyneiden geneettisen erojen määrän perusteella. Koska suuri osa mutaatioista on haitallisia, ne kuitenkin usein karsiutuvat nopeasti populaatiosta. Siksi esimerkiksi lajien välille kertyneistä eroista päätelty mutaationopeus on todellista paljon hitaampi.