Ontogeneze (z řec. ών, ón = jsoucí a γένεσις, genesis = zrození, původ) znamená původ a vývoj jedince (organismu), a to v protikladu k fylogenezi, vývoji druhu. Ontogeneze obvykle začíná oplodněním vajíčka a vede k dospělé formě. Morfogeneze (z řec. μορφογενεσις = původ tvaru) a buněčná diferenciace jsou základní procesy ontogenetického vývoje organismu. Studium ontogeneze se zabývá jak vývojem embryonálním tak vývojem postnatálním. Různá odvětví evoluční biologie a fyziologie se zaměřují na ontogenetický vývoj.
Teorie, že ontogeneze rekapituluje fylogenezi (tak zvaný Haeckelův zákon), to znamená, že vývoj jedince přesně zrcadlí vývoj druhu, je dnes již překonaná. Faktem však stále zůstává, že mezi ontogenezí a fylogenezí existují vzájemné vztahy, které vysvětluje evoluční teorie.