Pencadlys yw'r term a ddefnyddir yn gyffredinol am brif ganolfan weinyddol corff cyhoeddus, cwmni, mudiad neu sefydliad arall. Yn nhermau milwrol, mae'n cyfeirio at brif ganolfan pennaeth milwrol a'i staff. Fel arfer mae pencadlys yn adeilad o ryw fath, ond yn achos byddin gall fod yn un symudol.
Bathwyd y gair Cymraeg "pencadlys" yn 1862.[1] Mae'n seiliedig ar y gair Cymraeg Canol cadlys, a olygai "amddiffynfa" yn wreiddiol ond a ddaeth i fagu'r ystyron "gwersyll (filwrol)" a "phrif orsaf" ac wedyn "pencadlys" yn nes ymlaen.[2]
Weithiau gall sefydliad gael fwy nag un pencadlys; er enghraifft, mae gan Bwrdd yr Iaith Gymraeg dri, gyda'r prif bencadlys yng Nghaerdydd, a dau arall yng Nghaerfyrddin a Chaernarfon.