Pernaruttokirjeet olivat syys–lokakuussa 2001 eli pian syyskuun 11. päivän terrori-iskujen jälkeen yhdysvaltalaisille kongressiedustajille ja tiedotusvälineille lähetettyjä kirjeitä, joiden sisällä oli Ames-tyypin pernaruttobakteerin itiöitä sisältänyttä valkoista jauhetta. Kirjekuoria avanneet henkilöt altistuivat itiöille ja saivat tartunnan. Viisi henkilöä kuoli ja 17 loukkaantui, tosin yhtään kongressiedustajaa ei kuollut. Pernaruttokirjeet saivat aikaan paniikkia kansalaisten keskuudessa.
Itse kirjeissä julistettiin kaikissa ”Allah on suuri”, mutta tutkinnassa ei kuitenkaan paljastunut mitään muslimiterroristeihin tai ulkovaltoihin viittaavaa. Pernaruttokirjeitä pidetään yhtenä syynä siihen, että terrorismia vastaan suunnattu ja kansalaisvapauksia rajoittava Patriot Act -laki läpäisi kongressin, vaikka sen tekstistä ei ollut saatavilla kuin tiivistelmä. Pernaruttoa vastaan kehitetyn Zipro-antibiootin suuret myyntiluvut pelastivat Bayer-konsernin vararikolta ja Yhdysvaltojen bioasetutkimus sai vuositasolla seitsemän miljardin dollarin lisärahoituksenlähde?.