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Phred
Phred
| Développé par | Phil Green et Brent Ewing |
|---|---|
| Dernière version | 0.020425.c () |
| Écrit en | C |
| Système d'exploitation | MacOS, Berkeley Software Distribution, HP-UX, Tru64 UNIX, AIX, Linux, Microsoft Windows, IRIX et Solaris |
| Environnement | UNIX, Linux, Windows, Mac OS X |
| Type | Bioinformatique |
| Licence | Propriétaire |
| Site web | [1], [2] |
Phred est un programme informatique permettant l'identification des bases d'une séquence d'ADN à partir de données d'un électrophorègramme générées par des séquences marquées à l'aide de fluorochromes et séparées par électrophorèse sur un séquenceur d'ADN automatisé[1],[2]. À l'époque de son développement, Phred produisait beaucoup moins d'erreurs lors de l'analyse de données que d'autres méthodes, réduisant le taux d'erreur de 40 à 50 %. Les scores de qualité phred sont par ailleurs devenus un standard pour caractériser la qualité d'une séquence d'ADN, pouvant être utilisés pour comparer l'efficacité des différentes techniques de séquençage.
- ↑ (en) Ewing B., Hillier L., Wendl MC. & Green P., « Base-calling of automated sequencer traces using phred. I. Accuracy assessment. », Genome Research, vol. 8, no 3, , p. 175-85 (ISSN 1088-9051, PMID 9521921, DOI 10.1101/gr.8.3.175)
- ↑ (en) Ewing B. & Green P., « Base-calling of automated sequencer traces using phred. II. Error probabilities. », Genome Research, vol. 8, no 3, , p. 186-94 (ISSN 1088-9051, PMID 9521922, DOI 10.1101/gr.8.3.186, lire en ligne)
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