Back تتابع الحمض النووي الريبي RNA Arabic RNA-Seq Catalan RNA-Seq German RNA-Seq English RNA-Seq Spanish توالی‌یابی آران‌ای FA Séquençage de l'ARN French ריצוף RNA HE ՌՆԹ-ների սեքվենավորում HY RNA-sequencing Dutch

RNA-Seq

Resumo da RNA-Seq. Nun organismo os xenes son transcritos e, nos organismos eucariotas, empalmados para producir os transcritos de ARNm maduro (en vermello). O ARNm é extraído do organismo, fragmentado e copiado en ADNc bicatenario estable (en azul). Este ADNc bicatenario é secuenciado utilizando métodos de secunciación de lecturas curtas de alto rendemento. Estas secuencias poden despois ser aliñadas cunha secuencia xenómica de referencia para reconstruír as rexións xenómicas que van ser transcritas. Estes datos poden utilizarse para anotar onde están os xenes expresados, os seus niveis de expresión relativos e todas as variantes de empalme alternativas.[1]

A RNA-Seq é unha técnica de bioloxía molecular que utiliza secuenciación de seguinte xeración para revelar a presenza e cantidade de ARN nunha mostra biolóxica nun momento dado, analizando o transcritoma celular en constante cambio.[2][3]

Especificamente, a RNA-Seq facilita a capacidade de observar transcritos de xenes de empalme alternativo, modificacións postranscricionais, fusións de xenes, mutacións/SNPs e cambios na expresión xénica co tempo ou diferenzas en expresión xénica entre diferentes grupos ou tratamentos.[4] Ademais dos transcritos e ARNm, a RNA-Seq pode analizar diferentes poboacións de ARN, incluíndo o ARN total, o ARN pequeno, como o miARN, o ARNt e o perfil ribosómico.[5] A RNA-Seq pode tamén ser usado para determinar as fronteiras exón/intrón e verificar ou emendar os límites 3' e 5' anotados previamente. Os avances recentes en RNA-Seq inclúen a secuenciación de célula única e a secuenciación in situ de tecidos fixados.[6]

Antes da aparición da RNA-Seq, os estudos de expresión xénica facíanse con hibridacións baseadas en micromatrices. Algúns problemas que tiñan as micromatrices son: artefactos de hibridación cruzada, deficiente cuantificación de xenes que se expresan pouco ou moito e necesidade de coñecer a secuencia a priori.[7] Debido a estas técnicas, a transcritómica fixo a transición a métodos baseados na secuenciación. Estes progresaron desde a secuenciación de Sanger de bibliotecas de marcadores de secuencia expresada (ETS, Expressed Sequence Tag), a métodos baseados en etiquetas químicas (por exemplo, a análise en serie da expresión xénica) e finalmante á tecnoloxía actual, a secuenciación de xene seguinte de ADNc (notablemente a RNA-Seq).

  1. ↑ Shafee T, Lowe R (2017). "Eukaryotic and prokaryotic gene structure". WikiJournal of Medicine (en inglés) 4 (1). doi:10.15347/wjm/2017.002. 
  2. ↑ Chu Y, Corey DR (August 2012). "RNA sequencing: platform selection, experimental design, and data interpretation". Nucleic Acid Therapeutics 22 (4): 271–4. PMC 3426205. PMID 22830413. doi:10.1089/nat.2012.0367. 
  3. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome wang2009
  4. ↑ Erro no código da cita: Etiqueta <ref> non válida; non se forneceu texto para as referencias de nome maher2009
  5. ↑ Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS (July 2012). "The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments". Nature Protocols 7 (8): 1534–50. PMC 3535016. PMID 22836135. doi:10.1038/nprot.2012.086. 
  6. ↑ Lee JH, Daugharthy ER, Scheiman J, Kalhor R, Yang JL, Ferrante TC, et al. (March 2014). "Highly multiplexed subcellular RNA sequencing in situ". Science 343 (6177): 1360–3. Bibcode:2014Sci...343.1360L. PMC 4140943. PMID 24578530. doi:10.1126/science.1250212. 
  7. ↑ Kukurba KR, Montgomery SB (April 2015). "RNA Sequencing and Analysis". Cold Spring Harbor Protocols 2015 (11): 951–69. PMC 4863231. PMID 25870306. doi:10.1101/pdb.top084970. 

RNA-Seq

Dodaje.pl - Ogłoszenia lokalne