Als Seekriegsflagge wird die Flagge bezeichnet, die von Kriegsschiffen als Nationalflagge gehisst wird. Die Bezeichnung bedeutet allerdings nicht, dass sich die Nation im Krieg befindet, sondern dass die Nutzung lediglich dem Militär vorbehalten ist. Andere Bezeichnungen sind Kriegsflagge zur See, Militärflagge zur See, Marinekriegsflagge oder Marineflagge.
Nach § 29 des internationalen Seerechtsübereinkommen (UNCLOS) ist die Marineflagge der jeweiligen nationalen Seestreitkräfte eine Variante der vorgeschriebenen Kennzeichnungen als Kriegsschiff. Andere Kennzeichnungen in Schriftform (an den Schiffen oder in Listen) richten sich nach den nationalen Normen oder Vorschriften, die meist mit Alliierten Streitkräften, wie mit der Anti-Hitler-Koalition oder der NATO, koordiniert wurden/sind. Historisch dazu bekannt sind Präfixe von Schiffsnamen#Verwendung von Präfixen bei Kriegsschiffen und hoheitlich genutzten Wasserfahrzeugen.
Neben der Handelsflagge gehört sie zu den ursprünglichen Ausprägungen der Nationalflagge. Zusätzlich zur Kriegsflagge führen militärische Schiffe im Hafen meist auch eine Gösch. Deren Gestaltung ist oft von der Kriegsflagge abgeleitet, kann aber vereinfacht sein oder ein anderes Seitenverhältnis haben.