Unter Stammzelltransplantation (SZT) versteht man die Übertragung von Stammzellen von einem Spender an einen Empfänger. Dabei kann es sich bei Spender und Empfänger um dieselbe Person handeln (autologe Transplantation) oder um zwei verschiedene Personen (allogene Transplantation).
In der klinischen Praxis werden heute ausschließlich Blutstammzellen transplantiert. Blutstammzellen werden auch als hämatopoetische Stammzellen bezeichnet; daher die ans Englische angelehnte Kurzbezeichnung HSZT (für hämatopoetische Stammzelltransplantation). Im Rahmen von klinischen Studien wurden bereits andere, nicht blutbildende Stammzellen übertragen, etwa mesenchymale Stammzellen. Diese Transplantationen sind jedoch derzeit noch nicht von praktischer Bedeutung für die Medizin (siehe hierzu Regenerative Medizin, Stammzelltherapie etc.). Im Folgenden ist daher nur von der Transplantation von Blutstammzellen die Rede. Es gibt drei verschiedene Transplantationsarten: die allogene, die autologe und die syngene. Die allogene ist die häufigste Transplantationsart, bei der weltweit nach Menschen mit verträglichen Gewebemerkmalen gesucht wird. Bei der autologen Transplantation werden dem Patienten selbst Stammzellen entnommen, und diese dann nach entsprechender myeloablativer (also das Knochenmark zerstörender) Therapie dem Patienten wieder zugeführt. Die syngene ist die seltenste Transplantationsart, da man einen Zwilling des Empfängers finden muss.