Tarmfloraen (ordet er misvisende og forkert, da tyktarmsbakterier ikke tilhører planteriget[1]), som på moderne dansk også kaldes tarmens mikrobiom (på engelsk the gut microbiome eller the gut microbiota), er de mikroorganismer, protister, bakterier og svampe, der befinder sig i mave-tarm-kanalen. Langt tid før 2016 er det anbefalede navn tarmmikrobiota.[1] Tarmbakterierne udgør langt størstedelen af menneskets mikrobiom eller mikrobiota. Hos mennesker etableres tarmfloraen ved fødslen igennem munden og vedligeholdes gennem livet ved indtagelse af føde m.m.[2] Tarmfloraen udgør en betydelig del af det humane mikrobiom, dvs. de mikroorganismer, der lever på og i den menneskelige organisme. Mave-tarm-kanalen indeholder normalt op til 1,5 kg bakterier svarende til 100 billioner bakterie-celler, ca 10 gange det antal celler som mennesket består af.[3]
Tarmfloraen deltager aktivt i fordøjelsen af føden vi spiser, stimulerer immunsystemet og bekæmper patogene organismer og der er i den seneste tid (2013) blevet sat fokus på tarmfloraen som en stor kemikalie-fabrik, der ikke bare leverer vitaminer og hormon-aktive stoffer, men som også spiller en rolle i sygdomme og fedme.[4][5][1] Der er store individuelle forskelle mellem menneskers tarmflora, men der er blevet skelnet mellem tre forskellige typer tarmflora, der også kaldes "økosystemer" eller "enterotyper".[6] Hver enterotype er karakteriseret af et højt indhold af en bestemt bakterie-art, for enterotype 1 er det Bacteroides, for enterotype 2 Prevotella og enterotype 3 Ruminococcus, der er den dominerende.
Danske forskere har gjort en stor indsats for at kortlægge europæernes tarmflora.[7][behøver bedre kilde] Der er dog fortsat kun sporadisk viden om langt de fleste af tarmens mikroorganismer, delvis på grund af at de er anaerobe og vanskelige at dyrke in vitro.