El transcriptoma és el conjunt de totes les molècules d'ARN, incloent l'ARN missatger, l'ARN ribosòmic, l'ARN de transferència i altres ARN no codificants que es produeix en una cèl·lula o en una població de cèl·lules en un moment determinat. Aquest terme es pot aplicar al conjunt total de transcrits en un determinat organisme o al subconjunt específic de transcripcions presents en un tipus de cèl·lula particular. Al contrari que el genoma, el qual està a grans trets fixat per una línia de cèl·lules donada (excloent les mutacions), el transcriptoma pot variar d'acord amb les condicions ambientals externes. El transcriptoma, així, apareix com un component dinàmic, en contraposició amb el genoma, molt més estàtic. Com que inclou totes les transcripcions de l'ARN missatger dins la cèl·lula, el transcriptoma reflecteix els gens que estan sent activament expressats (expressió gènica) a qualsevol moment donat, amb l'excepció del fenòmens de degradació d'ARN com l'atenuació transcripcional.