Vaginizm — səbəbləri 90% ehtimalla psixoloji təlaşla bağlıdır. 10% isə orqanik (yəni quruluşla bağlı) səbəblər rol oynayır.
Orqanik (quruluşla bağlı) vaginizm səbəblərinə daha çox qızlıq pərdəsinin qalın və ya yüksək kənarlı olması, qızlıq pərdəsinin digər anormallıqları (ara bölməli və ya ələk şəklində qızlıq pərdəsi quruluşu), vagina içindəki ara bölmələr, bartolin absesi, vulvar vestibulit sindromu, PID və vaginitlər daxildir.
Bütün bu səbəblərlə doğru müalicəyə başlamazdan əvvəl ginekoloji müayinənin böyük əhəmiyyəti vardır. Vaginizm çox geniş yayılmış şüuraltı problemdir. Ümumiyyətlə vaginizmə səbəb olan keçmişdə baş vermiş mənfi cinsi təcrübələr və ya şüuraltına yerləşmiş şişirdilmiş qorxular vardır.