In der Populationsgenetik spricht man vom Wahlund-Effekt, wenn die Heterozygosität einer Population durch Strukturierung in Unterpopulationen reduziert wird. Insbesondere wenn zwei oder mehr Unterpopulationen unterschiedliche Allelfrequenzen haben, ist die gesamte Heterozygosität reduziert, selbst wenn sich die Unterpopulationen in einem Hardy-Weinberg-Gleichgewicht befinden. Die Ursachen dafür, dass eine Population in mehrere Unterpopulationen aufgespalten ist, können beispielsweise geografische Barrieren sein, die den Austausch von genetischem Material unterbinden. Wenn dann genetische Drift einsetzt, entsteht der Wahlund-Effekt.
Der Wahlund-Effekt wurde erstmals 1928 durch den schwedischen Genetiker Sten Wahlund erkannt.
Der Wahlund-Effekt kann auf verschiedenste Subpopulationen unterschiedlicher Größe angewendet werden. Die Heterozygosität der ganzen Population ist gegeben durch die durchschnittliche Heterozygositäten der Subpopulationen, gewichtet nach Größe der Subpopulationen.