Karantena je jedna od epidemioloških mjera kojim se sprječava širenje zaraznih bolesti putem izolacije oboljelih ili inficiranih od ostalih zdravih osoba.[1][2] Karantena je ujedno i lokacija na koji se izdvajaju osobe za koje se sumnja da su oboljeli od neke zarazne bolesti ili samo postoji opasnost da su oboljeli.[3]
Dolazi od italijanske riječi Quarante = četrdeset, jer je izolacija trajala obično četrdeset dana. Naime venecijanske vlasti su 1423. godine ustanovile izolaciju bolesnih ili sumnjivih da su bolesni u trajanju od 40 dana na jednom ostrvu u Venecijanskom zalivu.
Smatralo se da sve zarazne bolesti imaju inkubaciju manju od 40 dana. Ovaj vremenski period nije određen iskustvom već na osnovu biblijskih podataka, jer su po bibliji i Mojsije i Isus 40 dana živjeli u izolaciji pustinje.
Za karantenu se obično bira zgrada u kojoj su potom smješteni oboljeli ili potencijalni bolesnici. Ulaz i izlaz, osim medicinskom osoblju, koje je opet podvrgnuto strogim higijeskim i dezinfekcionim postupcima, je zabranjen. Međutim i cijela sela ili slične teritorije mogu biti su stavljene pod karantenu. Odjeljenja u bolnicama gdje su smješteni pacijenti sa zaraznim bolestima imaju tretman koji je predviđen za karantenu. Kao karantenske bolesti prema međunarodnim zdravstvenim propisima iz 1974. godine važe: kuga, kolera, žuta groznica i boginje.
U osamnaestom, devetnaestom vijeku normalna pojava na graničnim prijelazima je bila zgrada karantene u kojoj bi se smještali putnici koji su dolazili iz zemlje gdje je postojala epidemija neke zarazne bolesti.