La ciutat és coneguda per ser víctima d'un bombardeig per la Legió Còndor de la Luftwaffe el 26 d'abril de 1937, durant la Guerra Civil espanyola. Els alemanys van atacar per a donar suport a Franco en el seu intent d'enderrocar al govern de la Segona República Espanyola donant lloc a un bombardeig aeri sobre població civil d'una intensitat desconeguda fins llavors. Gernika va ser devastada, encara que la Casa de Juntes i l'arbre no van ser danyats. La sirena d'alarma antiaèria de Guernica, que estava instal·lada a la fàbrica de pistoles d'Unceta y Cía, a l'est de la vila, la qual va sonar durant tot el bombardeig, encara es conserva al centre cultural Astra i s'activa cada 26 d'abril d'ençà l'any 2012 per recordar aquells tràgics fets. Pablo Picasso va pintar el seu famós quadre Guernica per a mostrar al món els horrors de la guerra i com cartell de la República Espanyola de l'Exposició Universal de París de 1938. A més, els voluntaris bascos que van participar en la Brigada Carnot de les Forces Franceses de l'Interior en la Segona Guerra Mundial van prendre el nom de Batalló Guernica.
