Micotoxina (del grec μύκης (mykes, mukos) “fong”) és una toxina produïda per un organisme del Regne Fungi, que inclou bolets, floridures i llevats. La majoria dels fongs són aeròbics (poden utilitzar l'oxigen), es troben quasi pertot arreu en quantitats menudes a causa de les seues espores, i són comunament microscòpics. Atès que són organismes heteròtrofs, han de consumir matèria orgànica. Onsevulga que la humitat i la temperatura siguen les adequades.
Les micotoxines posseeixen estructures bioquímiques diverses: així poden ser proteïnes o no (com per exemple la penicil·lina, la patulina, aflatoxina…).
On les condicions són propícies, els fongs proliferen, formant colònies, i els nivells de micotoxines poden arribar a ser alts. Les micotoxines varien significativament la seva perillositat. Alguns fongs produeixen solament toxines severes en nivells específics d'humitat, de temperatura o d'oxigen en l'aire. Unes altres són mortals, causen malalties o problemes de salut identificables, algunes afebleixen el sistema immunitari sense produir símptomes específics, actuen com els al·lergògens o irritants, i unes altres no tenen cap efecte conegut en l'organisme humà. Algunes micotoxines causen la mort d'animals del camp. La funció d'aquestes és protegir a l'organisme que les produeix davant d'uns altres que poden, si no matar-lo, impedir el seu màxim desenvolupament i creixement generant competències. En aquest sentit, Fleming va descobrir la penicil·lina com a conseqüència que els fongs que estava conreant en les plaques de Petri van inhibir el creixement dels bacteris al seu al voltant.