Metagenomika studuje genetický materiál získaný z různých prostředí. Zatímco mikrobiologie, sekvenování DNA a genomika používají ke studiu kultivované vzorky mikroorganismů, ukázalo se, že izolace organismů silně podhodnocuje skutečnou mikrobiální diversitu.[1] Současné metagenomické studie používají sekvenování celkové DNA izolované ze studovaného prostředí.[2] Protože metagenomika nachází nové sekvence DNA a jejich prostřednictvím dosud nepoznané druhy organismů, vytváří prostor pro nové objevy.[3] S klesající cenou sekvenace DNA se metagenomické postupy aplikují na nové oblasti.
Vývoj metagenomiky podpořily doklady o tom, že dosud nekultivované mikroorganismy představují převládající organismy ve většině prostředí na Zemi. Důkazem jsou analýzy genových sekvencí ribozomální DNA přímo v prostředí. Jde o přístup, který není závislý na kultivaci a který vedl k objevu ohromujících nových vazeb mikrobiálního světa.[4]
<ref>
; citaci označené Hugenholz1998
není určen žádný text<ref>
; citaci označené Eisen2007
není určen žádný text<ref>
; citaci označené MarcoD2011
není určen žádný text