Protein Data Bank (zkráceně PDB) je primární databáze 3-D struktur makromolekul jako např. proteinů, nukleových kyselin. PDB je důležitý zdroj bioinformatických dat pro molekulární biologii, medicínu a farmacii. Všechny uložené struktury a data jsou volně dostupné. Může je vkládat kdokoliv, není tedy zajištěna bezchybnost uveřejněných záznamů. Zdrojem dat bývá experimentální měření metodami NMR a X-ray krystalografie. V roce 2003 byla založena organizace wwPDB (Worldwide Protein Data Bank), která zajišťuje chod celé online databáze, její anotaci a sleduje její vývoj.[1] Financování databáze je umožněno díky vládním příspěvkům a uživatelským poplatkům.