Christoph Johannes Markschies (* 3. Oktober 1962 in Berlin-Zehlendorf) ist ein deutscher evangelischer Theologe und Professor für Antikes Christentum.
Vom 1. Januar 2006[1] bis zum 18. Oktober 2010[2] war er Präsident der Humboldt-Universität zu Berlin. Am 2. Dezember 2011 wurde er zum Vizepräsidenten der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften gewählt,[3] am 29. November 2019 in Nachfolge von Martin Grötschel zum neuen Präsidenten, ein Amt, das er am 1. Oktober 2020 antrat.[4] Am 29. November 2024 wurde er für eine zweite Amtszeit bestätigt.[5] Seit 2015 ist er Leiter des Berliner Instituts Kirche und Judentum.[6]
Seine Forschungsschwerpunkte innerhalb der Älteren Kirchengeschichte sind vor allem die Geistes- und Ideengeschichte – insbesondere Gnosis und Montanismus sowie die Transformation der paganen Philosophie in der christlichen Theologie – im Kontext anderer Religionen, Auslegung der christlichen Bibel und ihre parallele jüdische Auslegungsgeschichte sowie die Geschichte und Gegenwart der jüdisch-christlichen Beziehungen.