Ein CpG-Dinukleotid ist ein chemischer Zusammenschluss von zwei Nukleotiden, welche die Nukleobasen Cytosin bzw. Guanin aufweisen. Gelegentlich werden andere Bezeichnungen verwendet, wie CG-Stelle, CG-Ort, CpG-Motiv u. ä. Im Englischen sind CpG site und CpG dinucleotide üblich.
Im Allgemeinen bezieht sich der Begriff „CpG-Dinukleotid“ auf eine Stelle innerhalb vom Erbgut (DNA), der die Anteile Desoxycytidin – Phosphorsäure – Desoxyguanosin (in 5'–3'-Richtung) enthält. Aufgrund der komplementären Basenpaarung an einer solchen Stelle, die auch CpG-Stelle genannt wird, kommen im DNA-Doppelstrang an jeder Stelle zwei Dinukleotide vor.
Die CpG-Stellen spielen in den Genomen mancher Lebewesen (z. B. bei Säugetieren) eine besondere Rolle, weil sie dort Gegenstand der DNA-Methylierung sind und eine spezielle Häufigkeit und Verteilung aufweisen. Die CpG-Stellen bzw. -Dinukleotide sollten nicht mit den CpG-Inseln verwechselt werden. CpG-Inseln sind definierte Bereiche, in denen CpG-Stellen häufiger sind als in anderen Abschnitten des zugrunde liegenden Genoms.[1]