Formale Ontologie bezeichnet Projekte ontologischer Theoriebildung, welche sich weitgehend formaler Instrumentarien bedienen, wie sie in den letzten Jahrzehnten in der analytischen Ontologie nach dem sogenannten „ontological turn“ entwickelt wurden. Ähnlich wie die formale Logik, die keine konkreten Gehalte studiert, sondern logische Beziehungen im Allgemeinen, beschreibt die formale Ontologie allgemeine Eigenschaften, Beziehungen, Identifikations- und Identitätskriterien von Objekten überhaupt. Teilweise bilden dabei unsere Urteile über die Strukturen der Wirklichkeit den Ausgangspunkt der Untersuchung.
Zur praktischen Anwendung zur Wissensrepräsentation von einigen Projekten formaler Ontologie vgl. Ontologie (Informatik).