Als Museen in Basel wird eine Reihe von Museen in der Schweizer Stadt Basel und ihrem Einzugsgebiet zusammengefasst. Sie decken ein weites Sammlungsspektrum ab, ihr Schwerpunkt liegt auf der bildenden Kunst. Sie beherbergen zahlreiche Bestände von internationaler Bedeutung. Mindestens drei Dutzend Häuser, die heimatkundlichen Sammlungen in den Vororten nicht mitgerechnet, stellen eine ausserordentlich hohe Museumsdichte im Vergleich mit Stadtregionen ähnlicher Grösse dar. Sie haben jährlich gegen eineinhalb Millionen Besucher.
Die Museen, die einen wesentlichen, identitätsstiftenden Teil der Basler Kultur und Kulturpolitik ausmachen, gründen in einer eng verflochtenen privaten und staatlichen Sammlungstätigkeit und Kulturförderung, die bis ins 16. Jahrhundert zurückreicht. Die staatlichen Museen des Kantons Basel-Stadt sind aus dem 1661 erfolgten Ankauf des privaten Amerbach-Kabinetts durch Stadt und Universität Basel entstanden und damit die älteste ununterbrochen bestehende Museumssammlung eines bürgerlichen respektive öffentlichen Gemeinwesens der Welt. Seit den 1980er-Jahren sind mehrere Sammlungen in Neubauten zugänglich gemacht worden, die als avantgardistische Museumsarchitektur Bekanntheit erlangt haben.