Der Museumshafen Flensburg liegt in unmittelbarer Nähe zum Schifffahrtsmuseum und der Flensburger Museumswerft in der Flensburger Innenstadt am Flensburger Hafen und gehört zum Historischen Hafen der Stadt. Die Anlage des Museumshafens besteht aus der Steganlage, dem Bohlwerk, der darauf befindlichen Wachhütte, der Rekonstruktion des historischen Flensburger Hafenkrans von 1726 zum Setzen oder Ziehen von Masten und Stengen und dem Hafen für offene Fischerboote, dem Lüttfischerhafen.