Diphoda

Diphoda es un clado eucariota que agrupa a su vez grandes grupos como los corticados (Diaphoretickes) y la mayoría de protozoos excavados (Excavata). El grupo incluye a todos los eucariotas fotosintéticos. Se ha postulado que dentro de la filogenia eucariota, habría habido una profunda dicotomía en dos grandes grupos: Diphoda y Opimoda, de acuerdo con estudios basados en proteínas mitocondriales que relacionaron a Discoba con los corticados.^[1]​

La filogenia profunda eucariota no está actualmente consensuada, sin embargo, algunos estudios independientes recientes basados en proteínas de origen bacteriano (Derelle et al. 2015),^[1]​ en el genoma (Cavalier-Smith et al. 2015)^[2]​ y otros estudios filogenómicos (Burki et al. 2015-16),^[3]​ parecen confirmarlo. Sumando el pequeño grupo Hemimastigophora a Diaphoretickes,^[4]​^[5]​ los estudios mencionados postulan la siguiente filogenia:

Un análisis proteico (2018) incluye además a Metamonada en posición basal,^[6]​ aunque no hay consenso al respecto. Estudios más recientes recuperan a Metamonada dentro de Opimoda.^[7]​

1. ↑ ^{a b} Romain Derelle et al 2015, Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root. Proceedings of the National Academy of Sciences 112(7) · January 2015 with 248 Reads DOI: 10.1073/pnas.1420657112
2. ↑ Thomas Cavalier-Smith et al 2015, Multigene phylogeny resolves deep branching of Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution Volume 83, February 2015, Pages 293–304
3. ↑ Fabien Burki et al. 2015, Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista. The Royal Society 2016 DOI: 10.1098/rspb.2015.2802
4. ↑ Gordon Lax et al. 2018, Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes. Nature 564(7736)· DOI: 10.1038/s41586-018-0708-8
5. ↑ Tikhonenkov, Denis V.; Mikhailov, Kirill V.; Gawryluk, Ryan M. R.; Belyaev, Artem O.; Mathur, Varsha; Karpov, Sergey A.; Zagumyonnyi, Dmitry G.; Borodina, Anastasia S.; Prokina, Kristina I.; Mylnikov, Alexander P.; Aleoshin, Vladimir V.; Keeling, Patrick J. (2022). «Microbial predators form a new supergroup of eukaryotes». Nature 612 (7941): 714-719. Bibcode:2022Natur.612..714T. PMID 36477531. S2CID 254436650. doi:10.1038/s41586-022-05511-5. 
6. ↑ Brown, M. W., Heiss, A. A., Kamikawa, R., Inagaki, Y., Yabuki, A., Tice, A. K., ... & Roger, A. J. (2018). Phylogenomics places orphan protistan lineages in a novel eukaryotic super-group. Genome biology and evolution, 10(2), 427-433.
7. ↑ Jazmin Blaz, Luis Javier Galindo, Aaron A Heiss, Harpreet Kaur, Guifré Torruella, Ashley Yang, L Alexa Thompson, Alexander Filbert, Sally Warring, Apurva Narechania, Takashi Shiratori, Ken-ichiro Ishida, Joel B Dacks, Purificación López-García, David Moreira, Eunsoo Kim, Laura Eme (2023). One high quality genome and two transcriptome datasets for new species of Mantamonas, a deep-branching eukaryote clade. Nature.