Eestimaa kindralkuberner oli Rootsi kuninga või Venemaa keisririigi keisri/keisrinna poolt määratud kõrgeim Eestimaa kindralkubermangu ja Eestimaa kubermangu valitsusametnik (kindralkuberner).
1561. aastast, pärast Liivi sõda, mille lõppedes jäi Põhja-Eesti ehk Eestimaa Rootsi võimu alla valitsesid Põhja-Eesti ehk Eestimaa hertsogkonda Eestimaa asehaldurid ja kubernerid 1561–1674. 1584. aastal loodi Rootsi kuninga ülemvõimu all Eestimaa hertsogkond ehk Eestimaa kubermang, siis 1673. aastast alates moodustati Eestimaa kindralkubermang[1]
Rootsi aegse 1634. aasta Rootsi „valitsemiskorraldusele” (rts regeringsform) kohaselt oli (kindral)kuberner oli Eestimaal viibivate väeosade ülemjuhataja, pidi kindlustama kehtivate Rootsi seaduste täitmise, määras ametisse kõik kuninglikud ametnikud, vastutas korra ja julgeoleku, teede ja sildade korrashoiu, postiasjanduse, sisse- ja väljareisivate isikute kontrolli (nn passide alusel), maksude laekumise, reduktsiooni läbiviimise, linnade käsitöö ja kaubanduse edendamise ning kiriku- ja kooliasjade eest[2]. Kuberner oli Eestimaa kubermanguvalitsuse juht. Rootsi aegsesse kubermanguvalitsusse kuulusid 1659. aastal peale kuberneri maa- ja sõjakomissar, sekretär ja tema kantseleiametnik, kammerhärra ja tema sekretär, postmeister; rootsi, saksa ja eesti pastorid; organist; vene tõlk ning timukas. (Kindral)kubermanguvalitsuse koosseis oli eri aegadel erinev. Rootsiaegse kubermanguvalitsuse tegevus lõppes Eestimaa liitmisel Venemaaga 1710. aastal. (Kindral)kuberneri äraolekul asendas teda asehaldur ning kohtadel viisid (kindral)kuberneri otsuseid täide adrakohtunikud. (Kindral)kuberneri juures töötas assistentnõunike nõuandev kolleegium.