Mikroorganismid ehk mikroobid (rahvapäraselt ka pisikud) on väikseimad organismid, mis on nähtavad ainult mikroskoobiga. Mikroorganismidele vastanduvad makroorganismid, mida on võimalik näha palja silmaga. Teadust, mis tegeleb mikroorganismidega, nimetatakse mikrobioloogiaks.