John Clifford Pemberton (10. elokuuta 1814 – 13. heinäkuuta 1881) oli Yhdysvaltain armeijan ammattisotilas ja etelävaltioiden kenraali Yhdysvaltain sisällissodassa. Hänet muistetaan tappiostaan ja antautumisestaan kriittisessä Vicksburgin taistelussa.