Kromofori on sellainen molekyylin osa, joka vaikuttaa molekyylistä muodostettavaan väriaistimukseen.[1][2] Näkemämme väri on se, joka ei absorboidu tietyn näkyvän valon spektrin aallonpituuden osalta. Kromofori on osa molekyylissä, joissa kahden erillisen molekyyliorbitaalin energiaero sijoittuu näkyvän valon spektrin alueelle. Kromoforiin osuva näkyvä valo voi näin ollen absorboitua virittäen elektronin sen perustilasta viritystilaan.
Biologisissa molekyyleissä, joiden tehtävänä on vangita tai havaita valoenergiaa, kromofori on ryhmä, joka aiheuttaa konformaatiomuutoksen molekyylissä valon siihen osuessa.