Ninja (jap. 忍者) oli feodaalisessa Japanissa toiminut palkkasotilas, jonka harjoittamaa taistelutaitoa ja kulttuuria kutsutaan ninjutsuksi.
Ninjoja käytettiin erikoissotureina Japanissa etenkin Sengoku-kaudella 1467–1568. Heidän tehtävänsä oli suorittaa salamurhia sekä vakoilla ja kerätä tiedustelutietoa siitä, kuka oli kenenkin vihollinen. Ninjat kouluttautuivatkin naamioitumisen ja petoksen saloihin, ja he välttivät oikean henkilöllisyytensä paljastumista. Lisäksi ninjoja käytettiin tiedustelijoina ja aiheuttamaan hämminkiä vihollisen linjojen takana öisissä kommandohyökkäyksissä. Jotkut ninjat palkattiin soluttautumaan vihollisen ninjajoukkoihin.[1]
Aikansa paikallisjohtajat palkkasivat ninjoja tehtäviin, jotka eivät sopineet kunnia- ja tyylisidonnaisille, avoimesti taisteluun osallistuville sotureille. Ninjutsuun erikoistuneita perheitä oli useita, ja ne olivat eniten maksavan käytettävissä.[2]
Koska ninjat käyttivät erilaisia petoksen keinoja ja heittoaseita, heidän maineensa oli huonompi kuin samuraiden, joita pidettiin urheina ja ritarillisina. Kun Japaniin tuli rauha Edo-kaudella, ninjoja ei enää tarvittu entisissä määrin. Ninjutsu jatkoi kehittymistään, ja siitä julkaistiin oppikirjoja, kuten Bansenshūkai (1676).[1]
Salaperäisten ja anonyymien ninjojen kyvyt ovat nykyaikana saaneet liioiteltuja piirteitä, ja ninjoja esiintyy usein esimerkiksi elokuvissa, sarjakuvissa ja tietokonepeleissä.[1]