L'anatomie animale (provenant du nom grec ἀνατομία anatomia, provenant du verbe ἀνατέμνειν anatemnein, se traduisant par couper, découper) est une branche de l'anatomie et de la zoologie étudiant la structure interne des animaux, la topographie et le rapport des organes entre eux. Elle se distingue ainsi de la morphologie.
Le terme désigne à la fois la structure d'un organisme vivant et la branche de la biologie ou de la médecine, pour l'anatomie humaine, qui étudie cette structure. On parle également d'anatomie pour désigner les anatomies publiques, événements sociaux des Temps modernes et du début de l'Époque contemporaine durant lequel un maître exposait en public son savoir anatomique.