De nombreux États ont attribué à des entités territoriales subétatiques en leur sein une autonomie territoriale, c'est-à-dire des compétences plus larges que ce qui est habituellement considéré comme du domaine de la décentralisation administrative. Cela peut aller de statuts spécifiques pour des territoires peuplés de minorités ethniques à des systèmes de type fédéral. Un autre type d'autonomie, éventuellement cumulable avec le premier, est l'autonomie nationale-culturelle, ou autonomie non-territoriale, une option généralement défendue par les partis ethniques.
La théorisation de ces alternatives à l'indépendantisme a notamment fait l'objet de nombreux écrits et débats à partir de la fin du XIXe siècle au sein des mouvements socialistes dans les empires multinationaux et pluriethniques d'Autriche-Hongrie (les austromarxistes), d'Allemagne (controverses entre le Parti social-démocrate allemand, le Parti socialiste polonais de Józef Piłsudski et la Social-démocratie du Royaume de Pologne et de Lituanie de Rosa Luxemburg et Leo Jogiches) et de Russie (controverses entre le Parti ouvrier social-démocrate de Russie et le Bund), ainsi qu'en Belgique.
Par la suite, divers organismes internationaux comme la Société des Nations, l'Organisation des Nations unies ou le Conseil de l'Europe ont mis sur pied des conventions internationales visant à protéger les divers types de minorités. Le Conseil de l'Europe par exemple demande à ses membres signataires d'une convention de ce type de lui remettre des rapports annuels qui sont débattus contradictoirement avec des représentants d'autres États et des minorités concernées.