La domestication des plantes est un processus évolutif, lent et progressif, par lequel l'homme modifie, intentionnellement ou non, la constitution génétique d'une population de plantes jusqu'au point où les individus au sein de cette population perdent leur capacité de survivre et de se reproduire par eux-mêmes dans la nature. La domestication des plantes, parallèlement à celle des animaux, a permis la naissance de l'agriculture au cours de la révolution néolithique, qui a vu la transition d'une société de chasseurs-cueilleurs vers une société de producteurs agricoles.
Ce processus a commencé à différentes époques de l'Holocène dans plusieurs régions du monde, notamment dans le Croissant fertile, en Chine, en Amérique centrale, dans les Andes, en Nouvelle-Guinée et en Afrique de l'Ouest. Il a abouti à la création de plantes cultivées profondément modifiées dans leur morphologie, leur physiologie, leur phytochimie et leur génétique, sous la pression sélective exercée de façon délibérée ou non par les premiers agriculteurs, soit directement par la sélection de semences ou de propagules, soit indirectement par les pratiques culturales et la modification de l'environnement agricole.
La domestication a créé à des degrés divers une relation d'interdépendance entre les populations humaines et certains types de plantes[1]. D'un point de vue biologique, on passe pour ces espèces domestiquées d'une sélection naturelle à une sélection artificielle par l'homme.
Les plantes domestiquées ont tendance à perdre certains traits conservés chez les progéniteurs sauvages tels que les mécanismes de dispersion (comme l'égrenage des épis ou la déhiscence des gousses et siliques), les défenses chimiques et physiques contre les herbivores et la dormance, la grande majorité des plantes économiques aujourd'hui étant des annuelles[2].
« Les races d'animaux domestiques et de plantes cultivées présentent souvent, comparées aux espèces naturelles, des caractères anormaux ou monstrueux ; c'est qu'en effet elles ont été modifiées, non pour leur propre avantage, mais pour celui de l'homme. »
— Darwin[3], De la variation des animaux et des plantes à l'état domestique, vol. 1.