Un hyphe[n 1] est un élément végétatif filamenteux, souvent à plusieurs noyaux cellulaires (multinucléaire), caractéristique des champignons, de certaines algues et de certains protistes végétaux. Il peut mesurer plusieurs centimètres de long mais n'avoir que quelques microns de diamètre et donc, à l'état isolé, être invisible à l’œil nu. En mycologie, c’est le constituant essentiel du sporophore et du mycélium[1]. Ces filaments deviennent visibles lorsqu'ils sont réunis en cordons suffisamment gros ; on parle alors de mycélium.
Le mot hyphe reflète davantage une ressemblance superficielle qu'une réalité morphologique commune à des taxa très éloignés phylogénétiquement, et doit donc être utilisé avec précaution.
L’hyphosphère est la région du sol directement formée et influencée par les hyphes fongiques et les micro-organismes associés qui jouent un rôle important dans la croissance des champignons et dans leur capacité à former des mycorhizes (bactéries auxiliaires de la mycorhization (en)).
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