L'histoire de l'islam au Japon est relativement brève par rapport à la présence de longue date d'autres religions. La population musulmane du Japon est constitué de 123 000 fidèles, soit 0,1 % de la population totale du pays en 2023 .
Les premiers contacts entre l'islam et le Japon se font quand le Japon résiste à l'impérialisme occidental, comme l'Empire ottoman : les deux pays nouent des liens diplomatiques et se rapprochent, ce qui mène à la conversion de premiers Japonais installés à Constantinople.
L'islam trouve son essor au Japon après 1905 et la guerre russo-japonaise : les musulmans persécutés d'Asie centrale se réfugient au Japon et fondent une communauté à part entière, construisant les premières mosquées du pays et commençant à travailler sur des traductions du Coran et sur une éducation religieuse à proprement parler.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, le Japon se place en défenseur des droits des musulmans contre l'envahisseur européen pour s'assurer d'avoir des alliés en Asie du Sud-Est et cette protection continue dans les années 1970 quand le Japon se rend compte des ressources naturelles possédées par les pays du Golfe. Le statut des musulmans se dégrade cependant dans les années 2010 en raison du djihadisme.
À la fin des années 2010, on compte environ 100 000 musulmans japonais, pour la plupart originaires de pays musulmans de l'Asie du Sud-Est comme le Pakistan, le Bangladesh et l'Indonésie. Ces fidèles sont répartis dans un peu moins d'une centaine de différentes mosquées, dont les plus connues sont la mosquée de Tokyo et la mosquée de Kobe.