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Jonathan Herbert Schaeffer (né en 1957) est un chercheur canadien spécialiste en intelligence artificielle, enseignant à l'université de l'Alberta et titulaire de la Canada Research Chair en intelligence artificielle de cette université.
Il dirigea l'équipe ayant écrit Chinook, le plus fort programme de dames américaines. Schaeffer fait partie du groupe de recherche ayant créé Polaris, un programme jouant à la variante de poker connue sous le nom de Texas hold'em.