Beaucoup de variantes d’interfaces graphiques existent. GNU/Linux peut ainsi s’utiliser de manière très accessible et intuitive.
À la base de tout, on trouve un serveur X chargé des fonctions primitives d’affichage et de la gestion de la souris, de l’écran et du clavier. L’affichage graphique des ordinateurs utilisant Unix fonctionne selon un modèle client-serveur. Les deux principaux serveurs X sous GNU/Linux sont X.org et XFree86 ; d’autres serveurs comme Xgl et AIGLX permettent d’obtenir des effets 3D ou de transparence (disponibles avec X via compiz).
Par-dessus viennent se « greffer », un gestionnaire de fenêtres et un environnement de bureau(optionnel). Ce dernier englobe un gestionnaire de fichiers, ainsi que divers utilitaires et logiciels visant à fournir une interface graphique cohérente pour l’utilisateur. Les deux plus célèbres sont KDE et GNOME. Citons aussi Xfce, qui est plus léger.
GNU/Linux permet d’avoir une ligne de commande bien que depuis, le système X existe depuis juin 1986. Certaines personnes utilisent encore le mode console pour ses avantages : universalité, rapidité, légèreté et efficacité. En effet, le mode commande est très adapté au traitement d’opérations répétitives (batch). Ainsi, beaucoup de serveurs tournant sous GNU/Linux sont dépourvus d’environnement graphique.
En plus de pouvoir utiliser la ligne de commande directement après le démarrage de GNU/Linux, sans lancer d’interface graphique, il est également possible d’utiliser des terminaux virtuels depuis l’interface graphique. Citons xterm, ou encore Konsole (issu de l’environnement de bureauKDE), Gnome Terminal (issu de GNOME).
Les principaux outils et commandes utilisables dans un terminal GNU/Linux, ou plus généralement sous les systèmes de Type UNIX, sont listés ici. Voir aussi les articles détaillés sur grep, man, chmod… ou l’article Commandes Unix.
Il existe plusieurs distributions Linux. Une distribution Linux est un ensemble logiciel composé d’un noyau Linux et d’applications (pour la plupart libres).
Emacs est une famille d’éditeurs de texte créée par Richard Stallman, disposant d’un ensemble extensible de fonctionnalités et très populaire parmi les utilisateurs Linux.
Eric Steven Raymond, connu également sous les initiales ESR, est un célèbre hacker à qui l’on doit notamment la popularisation du terme open source pour décrire les logiciels libres. Il est également l’auteur de l’essai La Cathédrale et le Bazar.
Les distributions rassemblent les composants d'un système GNU/Linux dans un ensemble cohérent et stable facilitant son installation, utilisation et maintenance. Elles comprennent donc le plus souvent un logiciel d'installation et des outils de configuration.
Il existe de nombreuses distributions, chacune ayant ses particularités propres, certaines sont dédiées à un usage spécifique (pare-feu, routeur, grappe de calcul...) d'autres à un matériel spécifique. Les grandes distributions sont généralistes et conviennent pour le bureau; les inconditionnels de ces grandes distributions sont très prompts à de longs Trolls sur les mérites comparés de leur préférée, mais il est surtout question de goût et de couleur dans le choix d'une distribution.
Les distributions généralistes les plus connues sont Debian, Gentoo, Mandriva Linux, Red Hat/Fedora, Slackware, SuSE-Novell, Ubuntu. Certaines sont plus orientées vers les utilisateurs débutants (MandrivaLinux, Ubuntu, etc.), car plus simples à mettre en œuvre. Debian en revanche est plutôt considérée comme une méta-distribution, c'est-à-dire qu'elle peut servir de base pour créer sa propre distribution. Beaucoup de distributions en dérivent: Ubuntu, Knoppix, Mepis... L'installation de Debian est devenue plus facile depuis la version 3.1 (Sarge), néanmoins des compétences en shell et une culture sur les projets libres sont nécessaires pour obtenir le GNU/Linux de ses rêves; en revanche la mise à jour et la maintenance des systèmes est aisée grâce aux outils Debian. La distribution Gentoo, destinée à un public plus connaisseur, à la recherche de mises à jour fréquentes, a pour particularité d'être compilée à partir du code source sur le poste même de l'usager, en tenant compte des nombreux paramètres locaux. Ceci en fait le système d'exploitation le plus optimisé pour chaque configuration individuelle. Certaines distributions sont commerciales, comme celle de Red Hat, Mandriva (ex-MandrakeSoft) ou de Novell-SuSe, alors que d'autres sont l'ouvrage d'une fondation à but non lucratif comme Gentoo.
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